惑星Ziに神々の怒りと言われる大規(guī)模な地軸変動が起こり、それによってかつて栄えていた高度な文明は壊滅した。それから數(shù)千年後。大変動を生き延びた人々は獨自の文明を築いていた。相変わらずゾイドは人々にとって無くてはならない存在だったが、その供給は地中や海中からの発掘に依存していた。そうした中、ゾイド発掘を専門として生計を立てる人々が現(xiàn)れるのは當然の流れだった。ミロード村に住むルージ?ファミロンもそういった人々の一員であり、家族の仕事を手伝って穏やかに暮らしていた。ある日、近海に沈んでいた青いライガータイプのゾイドの発掘を手伝っていたルージは、見た事の無い銀色のゾイドが村を襲撃するのを目撃する。とっさに青いライガー…ムラサメライガーに乗り込み、銀色のゾイドを撃退するルージ。しかし戦闘で村のジェネレーターが破壊されてしまい、ルージはジェネレーターを修理できる職人を探す旅に出る事になる。